大规模生产阶段，AAV/LV载体生产流程跟抗体、疫苗类药物的生产类似，主要包含上游培养、下游纯化及制剂部分。上游培养分为质粒开发、细胞扩增、三质粒共转染及病毒载体生产等步骤。下游纯化分为细胞裂解释放AAV病毒颗粒（可以通过去污剂、机械作用、高渗或冻融操作等）or收获细胞上清液得到含LV病毒原液、加入核酸酶以减少宿主细胞核酸污染、澄清是通过离心或过滤等方法去除细胞碎片和杂质等、超滤浓缩以减少后续色谱纯化体系、亲合及离子交换等纯化得到高纯度病毒载体。制剂部分主要是超滤更换缓冲液、过滤除菌及制剂灌装等。ArcticZymes厂家管控整个供应链及生产流程，协助客户进行文件审计及现场审计。广东ArcticZymes高盐核酸酶
从细胞中释放AAV载体的基本机械技术是反复冷冻/解冻，然后是低速离心步骤然而，但是这种技术很难放大生产。机械均质，如法式压滤，是另一种裂解方法，在这种方法中，细胞膜在高压剪切力作用下发生破裂。虽然这种方法是可放大的，但是由于剪切应力引起的聚集和沉淀，往往会导致产品损失。而化学裂解方式，例如Triton X-100在病毒载体纯化过程有较高的总收率，而且易于放大。但是也有其局限性。研究表明，Triton X-100造成了一些急性口服毒性、眼睛损伤、皮肤刺激和慢性水生毒性。因此，该去垢剂在2016年被欧洲化学品管理局（European Chemicals Agency）被列为需要高度关注的物质。江苏基因药物生产用高盐核酸酶70921-160SAN HQ高盐核酸酶在高盐浓度下活性更适，DNA去除效率更高。
从国内来看，由于 AAV 基因药物研发管线绝大部分集中在眼科遗传病上，载体用量较小，三质粒共转染 AAV 系统足以满足未来的临床及商业需求，因此，国内的 AAV 生产系统主要以三质粒为主。然而，考虑到未来 AAV 基因药物在血液、神经系统、肌肉系统等领域的临床应用，三质粒系统显然难以胜任。如药明生基从国外收购了 OXGENE 的辅助腺病毒 AAV 生产系统 TESSA，据报道较三质粒系统有10倍的提升；而基因药物 CDMO 企业北京五加和基因则在国内率先采用了陈海峰博士的威洛克公司授权的Bac-to-AAV 系统，凭借公司在病毒载体领域持续30年的研发经验，不断摸索、试验，终于在临床级生产方面获得了巨大的成功，为 AAV 基因药物管线研发公司锦篮基因进行多批次临床 CDMO 代工生产。
ArcticZymes Technologies于2017年推出了SAN HQ高盐核酸酶及其对应的SAN HQ ELISA kit。该试剂盒原理是采用双抗夹心法定量检测各种生物制品的中间品、半成品和成品中SAN HQ高盐核酸酶的残留含量，特异性的anti-SAN作为捕获抗体偶联在96-well plate，生物素Biotin标记anti-SAN作为检测抗体，链霉亲和素-HRP偶联物起到信号放大作用，TMB是终反应底物。该试剂盒特异识别SAN HQ高盐核酸酶，对其它核酸酶没有特异性结合。它的定量范围是0.4-25.6ng/ml，检测精确度高RSD<=15%，2-8℃条件下保存12个月。使用Benzonase时，不能把载体表面的DNA去除彻底，因而不能阻止纯化的病毒载体聚集。
染色质由组蛋白和DNA组成，——147个碱基对的DNA缠绕在8个组蛋白（由H2A、H2B、H3和H4形成的八聚体）周围，形成基本的染色质单位，即核小体。核小体像珠串一样串连在一起，并被包装成更高阶的染色质结构。DNA带负电荷，富含碱性氨基酸的组蛋白带正电荷，且组蛋白多聚物有很多疏水区段。所有这些特点导致宿主DNA残留（HCD）能吸附很多物质，包括宿主蛋白残留（HCD）、色谱填料、目的病毒颗粒等，因此，HCD的存在增加了工艺流程的复杂度，同时也降低了病毒颗粒的稳定性。在AAV生产过程中使用SAN HQ高盐核酸酶。湖北进口生物试剂高盐核酸酶70921-202
GMP级别SAN HQ提供了更多的监管保证。广东ArcticZymes高盐核酸酶
基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。广东ArcticZymes高盐核酸酶
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