基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。无需为了保持高酶活而进行脱盐操作，简化工艺、节省时间；江苏基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
残留的宿主DNA是生产中产生的杂质，其存在潜在的致瘤性、传染性和免疫原性等风险。相关研究表明，基因的大小普遍在200bp以上，因此大于200bp有可能会有一定的致病性，而且残留DNA片段越大，生物制品的风险等级越高。因此，各国监管机构对其提出了严格要求。美国食品药品监督管理局（FDA）在《关于人类基因zhiliao新产品生产指导文件》中明确指出HCD的片段要小于200bp。2022年5月，国家药品监督管理局药品评审中心（CDE）发布的《体内基因药物产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》中也明确指出需对DNA残留量和残留片段大小进行控制，建议尽量将DNA残留片段的大小控制在200bp以下。黑龙江500mM盐浓度条件高盐核酸酶SAN HQ终产品放行检测包括微生物、Fungus及Endotoxin检测等；
有研究发现，杆状病毒表达载体体系BEV生产的rAAV发生了与293生产体系不同的衣壳蛋白翻译后修饰（post-translationalmodifications,PTMs）。这一差异是否会影响载体趋向性和转导效率还需要进一步验证。除此之外，杆状病毒多重infection会导致载体蛋白VP1、VP2和VP3比例不一致。尽管如此，BEV/Sf9系统仍然是一种颇有吸引力的大规模临床级载体生产策略。随着以后对基因药物需求的增加，AAV载体的需求量也会与日俱增，而BEV系统能够降低AAV的成本，未来还是很有发展潜力的。
ArcticZymes厂家对盐活性核酸酶系列产品（Salt Active Nucleases，SANs）的生产及质控，在符合ISO13485:2016体系基础上，增加了cGMP质控标准，如microbes、endotoxin、蛋白酶等，符合USP-EP要求。厂家提供HQ级别和GMP级别的SAN HQ高盐核酸酶和M-SAN HQ中盐核酸酶，从成本角度分别满足临床前和早期临床阶段、商业化大规模生产阶段的需求；且GMP级SAN HQ高盐核酸酶已完成在FDA的药物主文件（Drug Master File, DMF）申报备案，助力加快药物申报流程。SAN HQ高盐核酸酶有助于减少了宿主细胞残留DNA的污染，提高了基因药物的安全性。
三种AAV载体的生产体系（三质粒瞬转体系、杆状病毒表达载体体系以及包装细胞体系） 中都会出现三种衣壳：完整衣壳（full capsid）、部分衣壳（partial capsid），和空衣壳（empty capsid）。其中完整衣壳包含正确的DNA序列，是人们所期待的产品；部分衣壳和空衣壳包含部分不包含目的基因，属于生产中的杂质，约占细胞生产的总AAV颗粒的50%-90%。空衣壳/部分衣壳有如下几种危害：1), 影响产品的纯度，2), 增加终产品的免疫原性，3), 与完整衣壳竞争infection细胞上的载体结合受体，抑制完整衣壳的转导，4),增加总体病毒载量。部分衣壳与空衣壳地存在严重地影响了AAV产品的安全性和有效性，因此监管机构强烈建议在整个生产过程中监控空/完整衣壳比（空壳率）。SAN HQ高盐核酸酶在高盐浓度下活性更适，DNA去除效率更高。上海上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202
使用Benzonase时，不能把载体表面的DNA去除彻底，因而不能阻止纯化的病毒载体聚集。江苏基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
AAV病毒滴度通常分为物理滴度和infection滴度。物理滴度一般是指基因组滴度或者衣壳滴度。在测定AAV的含量时，通常采用基因组滴度或者衣壳滴度作为单位，其中基因组滴度为携带基因组的AAV的浓度，衣壳滴度为AAV物理颗粒的浓度。基因组滴度一般采用qPCR、ddPCR、染料法、UV/Vis等方法来测定；衣壳滴度主要是通过ELISA、HPLC等方法来测定。AAV基因组滴度检测的关键在于尽可能彻底去除AAV衣壳外的HCD残留，减少污染核酸对qPCR或ddPCR的影响。经典方法是加入常规核酸酶（如Dnase I、Benzonase等）消化AAV衣壳外的HCD残留，然后加入Proteinase K破碎病毒衣壳，进行后续检测。经过对比发现，用SAN HQ高盐核酸酶替代常规核酸酶处理AAV病毒，能够更高效去除衣壳外的核酸残留，qPCR或ddPCR结果重复性更高、更稳定。江苏基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
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