上海IdeS蛋白酶蛋白组学

蛋白酶用于生成肽，用于质谱分析蛋白质。这些应用包括蛋白质组学和生物制药的深度表征。由于遗漏了切割和样品制备诱导的伪影，传统的蛋白酶并不总是理想的，因此需要具有不同特异性的蛋白酶工具箱。Genovis的GingisREX 是一种精氨酸特异性蛋白酶，可将蛋白质 C 末端消化为精氨酸残基。与胰蛋白酶肽相比，所得肽更长，并可能导致序列覆盖率增加。质谱分析中蛋白酶的特异性对于获得高质量的数据集和避免复杂的数据解释至关重要。作为模型底物，使用胰岛素氧化β链来比较 GingisREX 和 ArgC 的酶特异性。胰岛素氧化β链含有一个精氨酸和一个赖氨酸残基。在RP-HPLC和质谱法上分析GingisREX和ArgC的酶切肽。GingisREX在赖氨酸残基上没有酶活性或其他额外活性，即使在长时间孵育过夜后，酶与底物的比例也很高（1：5）。然而，ArgC在精氨酸残基上显示出主要活性，但在赖氨酸残基上也可以看到酶消化。在酶与底物的比例为 1：20 和过夜孵育下，证明了 ArgC 的额外非特异性活性。在相同条件下，GingisREX未检测到这种情况。数据证实了GingisREX精氨酸残基的特异性活性，并显示使用Arg-C在赖氨酸和其他残基处的非特异性消化。GingisKHAN用于LC-MS表征基于抗体的生物药研究。上海IdeS蛋白酶蛋白组学

Blinatumomab（一种对 CD19 和 T 细胞标志物 CD3 具有特异性的 BiTE 分子）的研究级生物仿制药在室温下用固定化过夜的 Genovis的GlySERIAS 消化。通过LC-MS对消解样品的直接分析表明，所有三个连接子区域均被消解，α-CD3 VL和VH链洗脱为一个色谱峰，α-CD19 VH和VL链作为单独的峰洗脱。来自连接的 α-CD3 VH 和 α-CD19 VH 结构域的小峰显示该短连接子未完全消化，表明 GlySERIAS 对短连接子的活性较低。与完整的蛋白质分析相比，四个结构域的分离提供了具有单同位素分辨率的高质量光谱。可以观察到每个结构域的几个不同变体，剩余的连接子残基数量不同。在色谱分离过程中，α-CD3 VH结构域无法从α-CD19 VH结构域完全基线分离，导致在相关质谱中观察到一些共洗脱。四个结构域的分离产生了有关在完整蛋白质水平上鉴定的蛋白质修饰位置的信息。例如，在完整水平上鉴定的 37 Da 的蛋白质修饰被分配给 α-CD3 VH 链。此外，240Da 和 320da 的两个修饰分别被分配给 α-CD3 VL 结构域。后者还含有一个带有五六个组氨酸残基的 His 标签。这些数据证明了使用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 对包含多个柔性连接子蛋白进行质量控制的中级工作流程的强大功能。福建FabULOUSIdeS蛋白酶FabRICATOR Magic自动平行抗体酶切和亚基生成,用于处理与克隆选择。

Genovis将固定化酶固定在磁珠上，用于在铰链下方自动消化IgG。FabRICATOR（IdeS）是一种IgG特异性半胱氨酸蛋白酶，可消化铰链下方单个氨基酸位点的抗体，产生均质的F（ab'）2和Fc片段。FabRICATORMagIC磁珠含有FabRICATOR固定化酶。这些微球能够在中级表征工作流程中并行快速自动酶解多种抗体。它们专为自动化平台而设计，但在无法实现自动化的情况下，在振动台上的表现同样出色。酶切消解后，样品可直接转移到LC-MS的自动进样器进行快速色谱分析，或转移到其他分析方法进行分析。自动平行抗体酶切和亚基生成允许处理与克隆选择、工艺开发和潜在生物制药稳定性研究相关的大量样品。自动抗体亚基分析可减少操作人员的时间和样品处理错误的风险，并提高通量。

一些应用（如结合研究）具有高度灵敏度，因此在制备中需要不含残留酶的纯抗体片段。因此，Genovis的 IgG 特异性蛋白酶也以固定化酶提供，可快速轻松地生成均质 F（ab'）2 和 Fc/2 片段。FabRICATOR Immobilized 含有固定化的 FabRICATOR （IdeS），用于制备来自多种 IgG 的 F（ab'）2 和 Fc 片段（对于兔 IgG，请咨询），而小鼠 IgG2a 和 IgG3 可以使用含有 FabRICATOR Z Immobilized 的 FabRICATOR Z Fab2 试剂盒进行处理 。 为了生成和纯化完整的 F（ab'）2 和 Fc/2 片段，使用 FabRICATOR Fab2 试剂盒处理曲妥珠单抗，并通过 SDS-page 进行分析。首先，在室温下在FabRICATOR固定化离心柱上消化抗体15分钟，然后进行短离心步骤。在 CaptureSelect ™ 离心柱上纯化 F（ab'）2 片段，并通过降低 pH 值，然后立即调整回中性 pH 值，一步洗脱结合的 Fc 片段。使用 FabRICATOR Fab2 试剂盒从酶切到收集片段的过程大约需要 1 小时Genovis提供具有低水平内du素的FabRICATOR （IdeS）冻干。

与IdeS不同，融合蛋白是通过将两种或多种蛋白质或肽的功能组合成一个量身定制的分子来创造的，以专门应对挑战。连接此类蛋白质或肽结构域的常见方法是包含柔性连接子。这些连接子通常富含甘氨酸，例如甘氨酸残基（G），或甘氨酸残基散布丝氨酸残基（GS）以形成重复序列。这为连接子提供了足够的灵活性，不会干扰连接蛋白质结构域的功能。然而，这些新模式带来了新的分析挑战，需要新的工具来促进表征和产品质量监测。中级分析已成为分析单克隆抗体疗法的标准方法，涉及将分子消化成几个定义的亚基。它们足够小，可以获得高质量的质谱图，并为产品质量属性提供特定领域的信息。由于G和GS连接子对常见蛋白酶的降解具有抗性，因此很难分离结构域以进行深入分析。因此，Genovis开发了GlySERIAS，不同于IdeS酶，一种消化柔性富含甘氨酸的连接子的酶。GlySERIAS可以分离不同的功能域，并实现对融合蛋白、多特异性抗体和含有富含甘氨酸的连接子的各种mAb片段进行详细表征的中级方法。Genovis的FabRICATOR （IdeS蛋白酶）在30分钟内消化IgG，如果孵育时间延长，则不存在过度消化的风险。甘肃GingisKHANIdeS蛋白酶

IgASAP Sub1 可水解分泌物和血清 IgA1。上海IdeS蛋白酶蛋白组学

与IdeS不同，为了获得更均匀的度拉糖肽融合蛋白的消化产物，用Genovis的GlySERIAS固定化蛋白质消化该蛋白质，该蛋白由与琼脂糖珠共价偶联的GlySERIAS酶组成。通过将酶偶联到树脂上，可以增加酶与蛋白质的比率，从而可以进一步加速反应，以获得更完整的连接子消化。此外，该酶不会存在于样品制备中，可能会干扰样品分析。为了进行比较，度拉糖肽在37°C下用GlySERIAS固定化过夜，或用GlySERIAS冻干1小时并在37°C下过夜消化。 为了降低样品复杂性，使用内切糖苷酶GlycINATOR冻干去除Fc聚糖，并减少链间二硫键。通过反相LC-MS对样品的分析表明，GlySERIAS Immobilized几乎完全消化了Fc结构域中的连接子，留下了接近均质的Fc/2产物，其中含有来自连接子的一个丝氨酸残基。用 GlySERIAS 冻干 1 小时或过夜消化，两者都会产生几种 Fc 产物，并附着不同数量的丝氨酸和甘氨酸残基。GLP-1肽在所有三个样品中以两种变体存在。使用GlySERIAS固定化消化的均质Fc/2能够详细研究特定于Fc区域的质量属性。此外，在样品中未观察到干扰分析的酶峰。作为补充，Fc/2 产物在用 GlySERIAS 冻干消化后残留部分连接子，有助于研究位于 GS 连接子的修饰。上海IdeS蛋白酶蛋白组学