荧光染料:能发出荧光的染料。在吸收紫外线或可见光后，能把短波长的光转变为波长较长的可见光波而反射出来，呈闪亮的鲜艳色彩。例如，酸性曙红、荧光黄、红汞以及某些分散染料等。它们大多是含有苯环或杂环并带有共轭双键的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。其中复合荧光染料是利用荧光共振能量转移技术合成的荧光染料，由距离非常近、能量可以在彼此间传递的一个供体及一个受体荧光物分子所组成。复合染料在受体分子的激发波长被激发，在供体分子的发射波长发射一个光子。荧光染料发展非常迅速，已开发的用于科研和临床应用的荧光染料已基本覆盖了由紫外到可见光及红外的整个光谱范围。DiD、DiR、DiO和DiI染料是最常见的细胞膜染料，它们是一族亲脂性的荧光染料，用于细胞的形态学和结构研究。四川武汉荧光染料
5(6)-FITC(Fluorescein5(6)-isothiocyanate)是一种胺活性衍生物的荧光染料，具有广泛的应用，作为抗体和其他探针标记，用荧光显微镜，流式细胞仪、免疫荧光方法如ELISA和Western印迹实验。荧光素衍生物具有高吸收率、优异的荧光量子产率和良好的水溶性，是流式细胞仪和免疫荧光中生物检测**常用的荧光标记之一。**常用的荧光素包括用于标记蛋白质（特别是抗体）的异硫氰酸荧光素[5(6)-FITC)]，5-FITC和用于标记肽和寡核苷酸的羧基荧光素（5-FAM和5(6)-FAM）。BIOFOUNT提供***的基于荧光素的染料、底物和偶联物，以及一系列具有针对细胞标记和检测优化的特性的质量iFluor™荧光标记染料。小动物荧光染料荧光素钾盐Super Fluor活化酯（与Invitrogen的Alexa Fluor活化酯完全相同）。
SuperFluor活化酯（与Invitrogen的AlexaFluor活化酯完全相同）SuperFlour系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH4～10）,更好的抗淬灭性。在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3,Cy5,Cy5.5,Cy7等荧光染料。1．标记效率低——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团少于4mol有以下原因：1）缓冲液中含有痕量伯铵成分，与染料反应降低了标记效率。如果蛋白已经溶于含氨基的缓冲液（如Tris或氨基乙酸），标记前用PBS透析。2）蛋白含量较低(≤1mg/mL)会影响标记效率。3）标记步骤中加入碳酸氢钠的作用是将反应混合物的pH升高至～8，因为在弱碱性环境中标记反应的效率比较高。如果蛋白溶液的缓冲范围在低pH，加入重碳酸盐也无法将pH调节至**适水平。要么加大重碳酸盐的量，要么将缓冲液换成PBS，或用0.1M碳酸氢钠透析等。4）研究显示pH升至9.0～9.4，标记效率和标记速度（只需10min）明显改善。5）不同抗体与荧光团的反应速率不同，染料标记后保留的生物活性程度也不同，因此标准步骤也不是总有比较好的标记结果。为增加标记率，可以对同一样品进行再标记，或减少蛋白的量加大染料的量重新标记。有研究者在室温孵育1小时后再4℃孵育过夜，情况有所改善。
FITC荧光标记蛋白的应用及特点:活性荧光染料，如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC)、罗丹明B(RhodamineB)或AlexaFluor染料，可用于标记抗体或蛋白质功能基团，生成分子探针，并通过荧光成像进行检测。当用荧光染料化学标记特异性抗体或其他纯化生物分子时，它们成为用于检测靶抗原或相互作用配偶体的荧光探针，用于细胞成像、流式细胞手术、蛋白质痕迹和酶联免疫吸附实验(ELISA)。由于荧光标记物具有无放射物污染、操作简单等优点，在蛋白质功能研究、药物筛选等许多研究领域得到了越来越广泛的应用。
南京星叶生物科技有限公司Super Fluor 系列（效果同Alexa Fluor系列）
且Super Fluor活化酯（与Invitrogen的Alexa Fluor活化酯完全相同） DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）对活细胞进行多色成像和流式分析。
如何选择的染料？
考虑到荧光染料种类繁多，您如何为您的特定应用选择使用哪种染料？以下是您需要考虑的一些因素。※与实验设计的兼容性：虽然它们可能与其他荧光团共享一些光谱相似性，但每种染料都是***的，并且具有不同的功能、激发和发射波长、波段形状和宽度以及光稳定性。为确保成功，请选择与您的实验设计相辅相成的一种。与设备的兼容性：选择与您正在使用的照明源相匹配的染料。在选择合适的荧光仪器时，请考虑仪器的灵敏度、动态范围、稳定性和通量、信噪比和信空白比。为了获得更好的结果，请确保染料的发射曲线与可用的检测方法相匹配。与样品中其他荧光材料的相容性：在双重或三重标记实验中，您选择的染料的发射和激发曲线不应与其他荧光团重叠。由于许多天然存在的细胞成分会以与您选择的染料或探针相同的波长发出荧光，因此您还需要确保可以从背景自发荧光中清楚地识别所选染料产生的信号。 DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族亲脂性的荧光染料，可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。水溶荧光染料蓝色
CY7 是一种 CY 染料。CY 为花菁 (Cyanine) 的缩写，是由奇数个甲基单元连接的两个氮原子组成的化合物。四川武汉荧光染料
第二种***使用的DNA染色方法是Hoechst染料，**初由化学公司HoechstAG生产。Hoechst33258、Hoechst33342和Hoechst34580都是邻苯二甲酰亚胺，具有向A-T富集区插入的趋势，因此后者不常使用。与DAPI相似，此类染料受到紫外线激发并在455nm下发射比较大值，在无结合状态下变为510–540nm。Hoechst染料还具有细胞渗透作用，因此可用于固定细胞和活细胞。与DAPI不同是，Hoechst染料毒性更低。DNA染色剂碘化丙啶无法透过细胞膜。在细胞培养中，因为该染色剂无法进入完好的细胞内，所以常常被用来区分活细胞和死细胞。碘化丙啶也是一种结合剂，但对不同的碱基没有特异性。在核酸结合态下，其比较大激发波长为538nm，比较高发射波长为617nm。未结合状态下碘化丙啶的比较大激发和发射被移到较短的波长和较弱的强度。它也可以在不改变其荧光特性的情况下与RNA结合。要区分DNA和RNA，必须使用足够的聚合酶。四川武汉荧光染料
