第二种***使用的DNA染色方法是Hoechst染料，**初由化学公司HoechstAG生产。Hoechst33258、Hoechst33342和Hoechst34580都是邻苯二甲酰亚胺，具有向A-T富集区插入的趋势，因此后者不常使用。与DAPI相似，此类染料受到紫外线激发并在455nm下发射比较大值，在无结合状态下变为510–540nm。Hoechst染料还具有细胞渗透作用，因此可用于固定细胞和活细胞。与DAPI不同是，Hoechst染料毒性更低。DNA染色剂碘化丙啶无法透过细胞膜。在细胞培养中，因为该染色剂无法进入完好的细胞内，所以常常被用来区分活细胞和死细胞。碘化丙啶也是一种结合剂，但对不同的碱基没有特异性。在核酸结合态下，其比较大激发波长为538nm，比较高发射波长为617nm。未结合状态下碘化丙啶的比较大激发和发射被移到较短的波长和较弱的强度。它也可以在不改变其荧光特性的情况下与RNA结合。要区分DNA和RNA，必须使用足够的聚合酶。D-荧光素是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，可催化萤火虫产生典型的黄绿色光。福建天津荧光染料
蛋白荧光标记技术是目前**为常见的蛋白体外标记技术，利用级联放大反应原理，将极度敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。该技术在具有高度精确性的荧光显微镜下，借助高度灵敏性的荧光检测，在各种生物过程中对目的蛋白进行可视化，从而通过抗原抗体高度特异性免疫定量表达或在细胞研究中定位。蛋白荧光标记已成为研究蛋白质互作、酶活性、***示踪以及细胞分选重要工具。蛋白标记常用荧光染料随着蛋白荧光标记技术不断发展，各类荧光素广泛应用于生物实验中，目前常用标记蛋白/抗体的荧光素主要有BODIPY类、香豆素类、罗丹明类、近红外类、NBD胺类以及菁染料等。南京星叶生物科技有限公司提供多种性价比高的各类活化荧光素，其荧光染料覆盖波长范围从350nm到790nm，例如Cy系列、SuperFluor系列（效果同AlexaFluor系列）等，用于标记抗体、多肽以及蛋白功能基团，继而生成分子探针，通过荧光成像进行相应检测。中国香港荧光染料荧光素酶荧光素的衍生物包括异硫氰酸荧光素、俄勒冈绿和羧基萘并荧光素等。
选择荧光染料时要考虑那些因素：激发波长处的消光系数应尽可能高：消光系数是衡量可以吸收多少光子的量度。量子产率应该尽可能高：这是吸收光子与发射光子的比率。消光系数和量子产率的乘积就是亮度。荧光染料应该是光稳定的：遗憾的是，比较不同公司染料的光稳定性的研究并不多。光致变色行为：对于STORM实验，您需要一个闪烁的荧光团。但是，对于分子跟踪实验，您***不想要闪烁的荧光团。活/死细胞渗透性。您想要的反应侧基（例如HaloTag、抗体等）。当您使用多个荧光探针时，尤其是当您量化共定位时，请谨慎处理其他颜色通道中的渗色。单独测试所有荧光探针以评估渗透。
管可用于实验室的荧光团数量众多，但这些染料通常属于以下三组之一：荧光染料:这些是用于在体外标记生物相关分子的小型有机天然或合成荧光分子。该组中的一些荧光染料包括荧光素、溴化乙锭和花青。荧光蛋白:这些是较大的、生物制造的蛋白质，由于它们的大分子结构而发出荧光。GFP、RFP和YFP是属于该组的一些染料。量子点:这些高荧光合成纳米晶体由半导体材料制成。随着荧光基本特性的广泛应用和该领域的显着进步，已经针对特定应用和仪器开发和优化了数百种活性荧光染料。同样，多年来，大量复杂的荧光技术（例如，FRET、TRF、FP、FRAP、FACS、FCS）也在不断发展。荧光素衍生物具有高吸收率优异的荧光量子产率和良好的水溶性是流式细胞仪和免疫荧光中常用的荧光标记之一。
纳米粒子纳米颗粒是指尺寸在1到100纳米之间的颗粒。由于它们的小尺寸，纳米粒子通常用于不同类型的细胞和组织的荧光成像。当今生物成像中常用的一些纳米材料包括碳点、贵金属纳米颗粒、聚合物点、量子点和荧光掺杂二氧化硅等。在成像中，与其他分子荧光团和探针相比，纳米颗粒/纳米材料具有多种优势，使其成为理想的选择。除了提高亮度外，纳米粒子是惰性的并且往往分布均匀，这有助于在成像过程中获得更好的结果。此外，与各种分子荧光团相比，纳米颗粒和纳米材料没有细胞毒性，并且不受非特异性结合问题的影响。由于这些特性，大多数荧光纳米颗粒（染色纳米颗粒）可以内化到细胞/组织中，并容易靶向给定部位。与花青和罗丹明染料一样，荧光素也是一种有机染料。中国香港荧光染料荧光素酶
小动物成像荧光染料是一种先进的技术可以在小动物体内实时观察和研究细胞、组织的功能和代谢过程。福建天津荧光染料
在荧光显微术中，不仅蛋白质结构感兴趣，而且对核酸也感兴趣。有时有必要通过检测细胞核来确定细胞的确切位置或数量。最常见的DNA染色剂之一是DAPI（4',6-二氨基-2-苯基吲哚），主要与DNA双螺旋富含A-T的区域结合。与未结合态相比，DAPI在DNA上的荧光强度增加。染料被UV（紫外线）光激发，比较大激发波长为358nm。发射光谱较宽，峰值在461nm。弱荧光也可以检测到RNA结合。在这种情况下，发射转移到500nm。有趣的是，DAPI能够渗透完整的细胞膜。因此，该染料既可用于固定细胞也可用于活细胞。福建天津荧光染料
