把人体内所有微生物菌群基因组的总和称为“人体宏基因组”（human metagenome）。人类宏基因组学（human metagenomics）研究人体宏基因组结构和功能、相互之间关系、作用规律和与疾病关系的学科。它不仅要把总体基因组序列信息都测定出来，而且还要研究与人体发育和健康有关的基因功能。人类宏基因组计划目标是：把人体内共生菌群的基因组序列信息都测定出来，而且要研究与人体发育和健康有关的基因功能。宏基因组工程与海洋生物学进行有机的结合，促使人类了解许多为培养海洋微生物的基因组序列及其功能产物，在海洋天然药物研究、海洋极端环境微生物研究、海洋微生物多样性探索中具有十分重要的应用前景。宏基因组测序技术的不断发展使其成为微生物学和生态学研究中不可或缺的重要工具。病原微生物筛查
宏基因组测序是一项极具创新性和影响力的技术。它仿佛是一把神奇的钥匙，开启了我们对微生物世界的深入认知之门。通过宏基因组测序，我们能够、无偏地分析环境中复杂多样的微生物群落。无论是土壤、水体还是人体内部，都能被清晰呈现。它帮助我们发现新的微生物物种，理解微生物之间的相互作用以及它们与生态系统的关系。在医学领域，宏基因组测序为疾病诊断和提供了新思路。这项技术正带领着我们在微生物学研究中不断前进，为解决诸多科学问题和实际应用带来无限可能。微生物物种宏基因组定低丰度的微生物群落宏基因组（Metagenome）是指某个环境或生态系统中所有微生物基因组的总和。
1991年提出环境基因组学（environmentalgenomics）的概念，同年构建了个通过克隆环境样品中DNA的噬菌体文库。1998年美国国立环境卫生科学研究所启动了环境基因组计划（environmentalgenomeproject，EGP），开展有关人体遗传变异与环境胁迫相互关系的研究。环境基因组学次提出特定生态条件下，全部生物基因组总体概念，这是基因组学的重要进展。1998年提出生命研究对象应是生物环境中全部微小生物的基因组，提出针对特定环境样品中细菌和的基因组总和进行研究的这一宏基因组(metagenome)概念2007年3月，美国国家科学院以“环境基因组学新科学——揭示微生物世界的奥秘”为题发表咨询报告，指出宏基因组学为探索微生物世界的奥秘提供新的方法，这是继发明显微镜以来研究微生物方法的重要进展。
随着测序技术的不断发展和改进，宏基因组测序和环境 DNA 测序的优缺点也在不断变化和优化。未来，我们可以期待这些技术在灵敏度、准确性和成本等方面的进一步提升，为微生物学研究和环境保护提供更有力的支持。宏基因组测序的缺点：数据量大：产生的测序数据量庞大，需要强大的计算资源和数据分析能力。复杂的数据分析：需要专业的生物信息学知识和技能来处理和解释测序数据。成本较高：测序成本相对较高，尤其是对于大规模的研究项目。难以确定微生物的活性：只能提供微生物的遗传信息，无法确定它们的活性状态。对于研究微生物生态系统的结构、功能和动态变化有重要意义。
宏基因组是指环境中所有微生物的基因组总和。它包含了数以亿计的微生物基因，这些基因编码了各种生物化学过程和功能。通过研究宏基因组，我们可以更好地了解微生物在生态系统中的作用，以及它们对环境变化的响应。是研究宏基因组的重要手段。它通过对环境样品中的 DNA 进行高通量测序，获得大量的微生物基因组序列信息。这些序列可以用于构建微生物群落的基因组草图，分析微生物的物种组成和遗传多样性。宏基因组研究的一个重要方向是挖掘新的生物活性物质。微生物产生的许多天然产物具有重要的生物活性，如、抗药物等。通过宏基因组测序，可以发现新的微生物物种和基因，为药物研发提供新的线索。基于测序的宏基因组，也提供了一种基于群落功能、群体功能差异化比较以及功能菌株搜寻探索的一种方法。病原微生物筛查
通过生物信息学方法进行基因搜索和功能注释。病原微生物筛查
宏基因组是指在一个生态系统中的所有微生物群体的综合基因组组成。这包括了各种微生物物种的基因组，以及它们在特定环境中的遗传信息。宏基因组研究是生物学领域中的一个重要分支，它的出现和发展为我们深入了解微生物世界和生态系统提供了新的视角和工具。宏基因组是指在一个环境中所有微生物群体综合组成的基因组，通过进行DNA的提取、测序、组装和生物信息学分析，可以揭示出这个环境中微生物群体的遗传信息。通过宏基因组技术，我们可以更地了解微生物群体的多样性、功能和生态适应性，这将为我们进一步揭示生命科学的奥秘提供重要的帮助。病原微生物筛查
