在荧光显微术中，不仅蛋白质结构感兴趣，而且对核酸也感兴趣。有时有必要通过检测细胞核来确定细胞的确切位置或数量。最常见的DNA染色剂之一是DAPI（4',6-二氨基-2-苯基吲哚），主要与DNA双螺旋富含A-T的区域结合。与未结合态相比，DAPI在DNA上的荧光强度增加。染料被UV（紫外线）光激发，比较大激发波长为358nm。发射光谱较宽，峰值在461nm。弱荧光也可以检测到RNA结合。在这种情况下，发射转移到500nm。有趣的是，DAPI能够渗透完整的细胞膜。因此，该染料既可用于固定细胞也可用于活细胞。DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在小动物成像中用来示踪。大连荧光染料Fluor 680
Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。Cy3染料的激发峰和发射峰分别在550 nm和570 nm左右，它的荧光肉眼观察很明亮，并且对pH不敏感，在共聚焦显微镜中可以用532nm（肩峰）或者556nm（顶峰）的激光束激发，在普通荧光显微镜中可以用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy3也是Dil等细胞电位追踪剂的母核，所以它是在生物技术中非常有用的荧光染料。在荧光成像时，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽等，它常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。基于荧光图谱的相似性，Cy3可以被TAMRA，TRITC, BODIPY TMR等染料替代，在需要更明亮，更稳定的替代物时，可以考虑使用AF547或者AF555等。湖北ivis荧光染料荧光素衍生物具有高吸收率优异的荧光量子产率和良好的水溶性是流式细胞仪和免疫荧光中常用的荧光标记之一。
羰花青染料***用作Di来标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。长链羰花青包括DiO(DiOC18(3))、DiI(DiIC18(3))、DiD(DiIC18(5))和DiR，以及二烷基氨基苯乙烯基染料DiA(4-Di-16-ASP)用于标记膜和其他疏水结构。DiIC16(3)具有比DiI(C18)更短的烷基取代基(C16)。它们在脂质环境中具有极高的消光系数、环境依赖性荧光和短的激发态寿命。它们在室温下是油状物，在水中发出微弱荧光，但当掺入膜中或与亲脂性生物分子结合时，它们发出高荧光且相当耐光。这些光学特性使它们成为细胞质膜染色的理想选择。一旦应用于细胞，这些染料就会在质膜内横向扩散，导致整个细胞染色[1]。DiO、DiI、DiD和DiR呈现出不同的绿色、橙色、红色和红外荧光，从而促进活细胞的多色成像和流式细胞术分析。DiO和DiI可分别与标准FITC和TRITC过滤器一起使用。其中DiI及其类似物是**常用的，因为它们通常表现出非常低的细胞毒性。此外，DiI***用于测定LDL和HDL等脂蛋白。亲脂性氨基苯乙烯基染料DiA也常用于神经元示踪[2]。
SuperFluor活化酯（与Invitrogen的AlexaFluor活化酯完全相同）SuperFlour系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH4～10）,更好的抗淬灭性。在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3,Cy5,Cy5.5,Cy7等荧光染料。1．标记效率低——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团少于4mol有以下原因：1）缓冲液中含有痕量伯铵成分，与染料反应降低了标记效率。如果蛋白已经溶于含氨基的缓冲液（如Tris或氨基乙酸），标记前用PBS透析。2）蛋白含量较低(≤1mg/mL)会影响标记效率。3）标记步骤中加入碳酸氢钠的作用是将反应混合物的pH升高至～8，因为在弱碱性环境中标记反应的效率比较高。如果蛋白溶液的缓冲范围在低pH，加入重碳酸盐也无法将pH调节至**适水平。要么加大重碳酸盐的量，要么将缓冲液换成PBS，或用0.1M碳酸氢钠透析等。4）研究显示pH升至9.0～9.4，标记效率和标记速度（只需10min）明显改善。5）不同抗体与荧光团的反应速率不同，染料标记后保留的生物活性程度也不同，因此标准步骤也不是总有比较好的标记结果。为增加标记率，可以对同一样品进行再标记，或减少蛋白的量加大染料的量重新标记。有研究者在室温孵育1小时后再4℃孵育过夜，情况有所改善。Super Flour 系列在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3, Cy5, Cy5.5, Cy7等荧光染料。
常用抗体标记荧光染料的特性及其应用
1、FITC:激发波长488nm，比较大发射波长525nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL1通道检测;3)可用于荧光显微镜技术4)荧光强度易受PH值影响，PH值降低时其荧光强度减弱。2、AlexaFluor488:激发波长488nm，比较大发射波长519nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氟离子激光器的流式细胞仪:2)在流式细胞仪的FL1通道检测;3)具有超乎寻常的光稳定性，非常适用于荧光显微镜技术;4)在较宽的PH值范围内保持稳定(PH4~10)。5)南京星叶生物科技有限公司SuperFluor系列（效果同AlexaFluor系列）质优价廉，欢迎咨询。3、Cy3:激发波长488nm，比较大发射波长570nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL2通道检测:3)适用于荧光显微镜技术;4)为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于PE。 罗丹明123一种可对活细胞线粒体染色的细胞染色试剂。吉林荧光染料DIO
PI是一种可对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放红色荧光。大连荧光染料Fluor 680
为什么要使用荧光染料？虽然不同的染色技术（即考马斯染色、银染色、荧光染色）可用于可视化凝胶电泳分离的蛋白质，但使用荧光染料具有其独特的优势。他们提供：高灵敏度：对于大多数分析物，荧光测量的灵敏度比吸光度测量高1000倍，即使在使用小样本时也可以令人满意地达到ppt（万亿分之一）的检测限。宽线性动态范围。输出与样品浓度成正比。低干扰：由于吸收光的材料数量众多，分光光度测量通常会遇到干扰问题。在进行荧光测量时不会遇到这个问题，因为只有少数材料具有荧光能力。高通量：荧光测量具有简单而强大的协议，并且可以自动化用于高通量应用。大连荧光染料Fluor 680
