首先，要选择正规厂家的产品。具备农业部微生物肥料登记证，包括：微生物菌剂登记证、生物有机肥登记证，或复合微生物肥料登记证；其次，要核对执行标准。农用微生物菌剂执行的是国家标准，为GB20287-2006，生物有机肥和复合微生物肥执行的是行业标准，分别为NY884---2012和NY/T798-2015；再次，要查看包装袋上菌数的标注。菌剂中的有效活菌数液体含量要≥2亿/克颗粒的要≥1亿/克，生物有机肥和复合微生物肥中的有效活菌数含量要≥2000万/克。在满足以上3个条件的情况下，用户可以根据所需要的功能选择含有特定功能菌种的微生物菌肥。菌肥的质量要看其所含“有效活菌”的数量，活菌越多效果约好，特别说明要是活菌！这样就抑制和减少了病原的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效（可以形象理解为“以邪压正”了）。浙江原产地生物菌肥技术指导
误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。误区3：认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。中国澳门大丰收生物菌肥技术指导长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。
1、微生物菌剂施用时间一般为清晨或者阴天。微生物菌剂中的芽孢杆菌不能在阳光下直射，会使其繁殖、代谢等活动受到影响，甚至会是去活性，一定要避免在炎热高温的天气使用。2、微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，像土壤水分含量、有机质含量、以及pH值的大小都会影响其作用的发挥。一般菌适宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后应立即浇透水，菌肥和有机肥混合施用，可以明显提高土壤中有机质的含量。3、微生物菌剂不应该长期放置，应该随用随买；使用前应该存放阴凉干燥、通风处，避免受热、受潮以及阳光直射；肥料开口后应一次用完，否则会导致其他菌进入，污染肥料中的菌。4、微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应**少间隔48小时后再用。5、微生物菌剂不能随意混合化肥施用。虽然菌可以与化肥、有机肥等混合施用，但是这并不意味着可以随意混合。当化肥中氮磷钾等元素的总含量超过7%时就会在很大程度上***菌的活性。
施用有机菌肥的关键要不断培养土壤中的微生物。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，***营养元素。实行果园生草制。草长到15厘米不到20厘米时割刈，一年反复进行覆盖地面，两年全园普翻一次以利提高果园腐殖质的含量。施发酵好的牛、猪、羊、兔等家畜禽粪。为有机菌肥中菌种的发酵繁殖提供充足的基质。为果树在生长中提供中、微量元素，减少小叶、黄叶等生理病害的发生。微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。近几十年来，主要施用化学肥料，但随着化肥的大量施用，人们清醒的认识到化肥及化肥工业带来的危害.
选择质量合格，过期不能用。[1]菌肥必须保存在低温（适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。二、根据菌种特性，选择使用方法。建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。三、尽量减少微生物死亡。施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，***、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。菌肥，形象说来就是“菌+肥”，因为菌肥一方面含有“有机质、氮、磷、钾”等作物生长所必需的营养成分。山西湿地生物菌肥技术指导
微生物与根系、根际土壤一起组成了农作物的‘肠胃’，很多有益微生物与根系形成互补共生关系。浙江原产地生物菌肥技术指导
果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价**解有机物质和***，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造***养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。浙江原产地生物菌肥技术指导
