无细胞蛋白表达技术在实际应用中也存在一些技术短板。由于反应体系缺乏活细胞的代谢调控机制，能量供应和原料再生效率较低，导致反应持续时间较短（通常只维持4-6小时），限制了蛋白产量的进一步提升。同时，该技术对反应环境高度敏感，温度波动、氧化应激或污染物都可能影响蛋白合成效率，这对实验操作的稳定性提出了更高要求。此外，虽然CFPS能表达传统细胞系统难以生产的毒性蛋白，但对于需要复杂折叠或多亚基组装的蛋白（如某些膜蛋白或超大分子复合物），其成功率仍然有限。自供能体外蛋白表达系统是构建人工细胞的重要路径。分泌蛋白表达上调
提升体外蛋白表达效能的关键技术路径包括：裂解物工程化改造： CRISPR敲除核酸酶/蛋白酶基因增强稳定性，或过表达分子伴侣（如GroEL/ES）改善折叠；能量再生系统强化： 耦合葡萄糖脱氢酶与ATP合成酶模块，实现ATP持续再生；膜蛋白表达突破： 添加脂质纳米盘（Nanodiscs）提供类膜环境，促进跨膜结构域正确折叠；高通量筛选适配： 微流控芯片实现万级反应并行运行，单次筛选规模超越传统细胞方法。这些策略共同推动该技术向 更高效率、更低成本、更广适用性演进。诱导蛋白表达上调无细胞体系的开放性允许直接添加非天然氨基酸，扩展了体外表达蛋白的化学多样性。
在小规模、快速验证性实验中，无细胞蛋白表达技术（CFPS）的性价比优势明显。其单次反应成本约200-500元（含商业化裂解物和模板），虽高于大肠杆菌发酵的试剂成本，但可节省大量时间——传统细胞表达需3-5天（含转化、培养、诱导），而CFPS只需4-8小时即可获得ug-mg级蛋白，尤其适合药物筛选、突变体库构建等时效性需求。例如，某CRO公司采用CFPS一周内完成50种抗体变体的活性测试，而传统方法只能完成5-10种，人力与设备成本大幅降低。
无细胞蛋白表达的兴起可将这一时间缩短至十几个小时，但是仍需要现进行表达载体的制备，体外扩增和高通量蛋白表达然后再进行筛选等多步操作。Nuclera将这些复杂的流程ji he到eProteinDiscovery系统。该系统使用基于数字微流控的智能卡盒、蛋白质质量检测和无细胞蛋白合成，使研究人员更容易快速获取高质量蛋白质。只要将目标蛋白质的序列输入配套软件，就可以利用预设融合标签定制DNA构建体以优化表达，然后将表达载体装载到机器上，该系统就会通过自动化构建筛选（可同时筛24种DNA构建体x8种无细胞混合物=192种独特表达条件），根据可溶性、可纯化性和纯化产量数据确定Zui 佳表达条件，然后放大规模并获取蛋白质以供下游应用，从DNA到可用于分析检测的蛋白质只需要48小时。系统已生产超过2,000种蛋白质，包含多种类型，其中约77%的人类蛋白。蛋白质类型包括伴侣蛋白、水解酶、连接酶、氧化还原酶、信号蛋白、结构蛋白和转移酶等，分子量范围为18kDa~300kDa(平均:46kDa)。获得的难表达蛋白包括膜蛋白、含二硫键的蛋白和含高度无序结构的蛋白等，还更容易地筛选和获取同源物、直系同源物、突变和异构体。真核型体外蛋白表达系统对毒性蛋白研究具有不可替代的价值，如凋亡相关蛋白caspase-3的可控表达。
在无细胞蛋白表达技术（CFPS）领域，Thermo Fisher Scientific和Merck KGaA等生命科学巨头占据主导地位，它们提供标准化的商业化试剂盒（如Thermo的PURExpress®和Merck的RTS 100系统），覆盖科研到工业级需求。这些企业通过成熟的供应链和全球分销网络，为制药、诊断客户提供一站式解决方案。此外，Takara Bio（宝生物工程）凭借其高效真核裂解物技术，在复杂蛋白表达（如糖基化抗体）细分市场表现突出。这些综合服务商正通过收购创新企业（如Thermo收购CellFree Tech）进一步巩固技术壁垒。添加硒代甲硫氨酸的体外蛋白表达实验，直接获得 X 射线晶体学级硒标记蛋白。大分子蛋白表达定位
科学家用细菌进行蛋白表达来生产胰岛素。分泌蛋白表达上调
体外蛋白表达正在革新现场快速检测技术。以疟疾诊断为例：将冻干的大肠杆菌裂解物、疟原虫 HRP2 基因 DNA 及显色底物预装在微流控芯片中，加入水样后启动 30 分钟体外蛋白表达反应，生成的 HRP2 蛋白催化显色剂变红，灵敏度达 5 寄生虫/μL（传统试纸只 200/μL）。此方案在刚果金野外测试中显示，阳性检出率提升 40% 且无需冷链运输。类似技术已扩展至COVID-19检测——用患者鼻拭子 RNA 直接合成 Spike 蛋白，结合纳米金抗体实现 1 小时确诊。这种 “即测即表达”模式 将诊断成本降至 $0.5/次，成为资源匮乏地区的抗疫利器。分泌蛋白表达上调
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