传统的宽场荧光显微镜由于光散射的影响，只能够对大脑浅层的神经元或在离体组织上进行成像，共聚焦显微镜由于光损伤较大，一般也只用于离体钙成像。随着荧光显微镜技术的迅速发展，在体钙成像技术得到了蓬勃发展。双光子荧光显微镜能够在进行在体成像的时候实现高分辨率和高信噪比。例如，用双光子显微镜对海马树突棘的钙离子信号进行成像，研究神经元突触后长时程降低(Wangetal.,2000)；观察在体小鼠运动皮层神经元在嗅觉选择任务中刺激相关电位(Komiyamaetal.,2010)等等。不过，这些实验还是需要对动物进行麻醉和固定，而神经科学领域很多研究更希望能够对自由活动的动物进行研究。近年来出现了通过植入性的microscope或microlens进行在体freelymoving动物钙成像的技术。使用一端带有GRINlens的光纤连接显微镜和动物大脑，从特定脑区发出的荧光信号被光纤收集，然后通过Inscopix显微镜成像。动物头部只需植入GRINlens，方便活动。多种钙离子指示剂和钙成像手段的存在使研究人员能够根据具体的实验需要进行选择。合肥超微显微钙成像nVoke
对新环境的探索确保了生存和进化的适应性，这是通过根据经验动态变化的探索性回合和逮捕来表达的。因此，调节探索性行为的神经环路应该参与经验的整合，并利用它来选择适当的行为输出。通过空间探索分析，研究人员发现在之前动物被逮捕的地点，瞬间逮捕数随着经验的增加而增加。在自由探索的小鼠身上进行的Inscopix钙成像显示，基底外侧杏仁核中有一个遗传和投射定义的神经元群，在自我控制的行为停止期间是活跃的。这个合集是以经验依赖的方式响应的，对这些神经元的nVoke闭环光遗传操作表明，它们在探索过程中驱动经验依赖的逮捕是充分和必要的。投影特异性成像和光遗传学实验显示，这些 yi zhi是由投射到**杏仁核的基底外侧杏仁核神经元影响的，揭示了杏仁核环路，该回路介导了熟悉部位的短暂阻止，但不影响回避或焦虑/恐惧样行为。宁波细胞钙离子钙成像价格多少可以对深部脑区、皮层区域等大部分脑区进行钙成像使用钙离子指示蛋白。
近年来出现了通过植入性的 microscope 或 microlens 进行freely moving 动物钙成像的技术。如光纤成像法：使用一端带有 GRIN lens 的光纤连接显微镜和动物大脑，从特定脑区发出的荧光信号被光纤收集，然后通过相机成像。动物头部只需植入 GRIN lens，方便活动，而且可以同时植入多个 lens 来观察不同的脑区之间的联系和相互作用。还有直接植入动物大脑的微型荧光显微镜，将 GRIN lens 直接植入皮层下的海马，下丘脑，丘脑等区域，可以监测深部脑区的神经元活动。这种微型显微镜的重量只有几克，不会影响动物自由活动，可以提供 800μm × 600μm 视野和 1.50μm 横向分辨率。
与传统的单光子宽视野荧光显微镜相比，多光子显微镜（MPM）具有光学切片和深层成像等功能，这两个优势极大地促进了研究者们对于完整在体大脑深处神经的了解与认识。2019年，JeromeLecoq等人从大脑深处的神经元成像、大量神经元成像、高速神经元成像这三个方面论述了相关的MPM技术。想要将神经元活动与复杂行为联系起来，通常需要对大脑皮质深层的神经元进行成像，这就要求MPM具有深层成像的能力。激发和发射光会被生物组织高度散射和吸收是限制MPM成像深度的主要因素，虽然可以通过增加激光强度来解决散射问题，但这会带来其他问题，例如烧坏样品、离焦和近表面荧光激发。增加MPM成像深度比较好的方法是用更长的波长作为激发光。利用钙离子指示剂检测组织或细胞内钙离子浓度，进而反应组织或细胞内某些活动或反应。
哥伦比亚大学ZuckermanMind大脑行为研究所的RuiM.Costa课题组于2020年10月7日在Cell杂志上发表了一篇题为AnAmygdalaCircuitMediatesExperience-DependentMomentaryArrestsduringExploration的文章，作者开发一种用于研究小鼠探索活动中瞬时停滞行为机制的新型实验，通过行为分析、环路映射、滔博生物-Inscopix自由活动钙成像显微镜结合光遗传学手段，提供介导经验依赖性的瞬时停滞行为的BLA神经元群体的ji huo和投射证据，表明BLA-CEA环路可以作为新颖/熟悉情境的检测器和效应器，用于基于空间位置的熟悉程度来生成自定进度的行为停滞，这一响应对于动物对未知环境进行安全有效的探索是至关重要的。传统的钙成像技术受限于显微镜的视野，只能对很小的一片区域进行记录。哈尔滨超微显微钙成像nVista
小鼠头戴式微型显微镜为后续清醒动物脑功能钙成像研究提供了一套可靠的显微成像系统。合肥超微显微钙成像nVoke
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